由于福建船政学堂的成功，后来开办的水师学堂的总办、专业教师多是闽人。李鸿章曾说，“闽开风气之先，今日创办海军，岂能舍此而取其未习者？”这些人在招生时先期函招其亲属子弟来应考，或来闽选择优秀青年应考。因此，清代规模较大的海军学校有五，马尾船政学堂、天津北洋水师学堂、黄埔广东水师学堂、烟台海军学校、南京江南水师学堂，“共有毕业生二千多名，其中闽籍约占七、八成之多。”(34)这也是中国海军闽人独多的原因。有人称马尾船政局的设立为“中国海军萌芽之始”，是符合历史事实的。直至民国时期，海军主要将领还多是船政学堂的毕业生或由他们培养出来的学生。刘冠雄、萨镇冰、李鼎新先后任海军总长。总之，船政局在中国近代造船业与中国近代海军建设中所起作用是显而易见的。

左宗棠在创办船政局之初，已经意识到近代工业从军用向民用发展的趋势，“窃惟东南大利在水而不在陆……无事之时，以之筹转漕则千里犹在门户；以之筹懋迁则百货萃廛市……以之筹转漕，则七省之储可通一水……自洋船准载北货行销各口，北地货价腾贵，江浙大商以海船为业者，往北置货价本愈增，比及回南费重行迟，不能减价以敌洋商……是非设局造轮船不为功”。“以机器制造机器，积微成巨，化一为百……由此更增机器触类旁通。凡制造枪炮、炸弹、铸钱、治水有适生民日用者，均可次第为之”。(35)沈葆桢也注意到船政经费问题，并提出了解决的办法。“虑兵船过多，费无从出，则间造商船，不患领者无人”。(36)沈葆桢造商船三号“永保”、“琛航”、“大雅”。但清朝廷当权者对“招商领雇”不以为然，这三艘船成了清军的运输舰，船政局进行商品化生产的道路被阻，自然也就没有从利润转化而来的资金积累，缺乏经济动力。这是福建船政局走向衰败的原因之一。

船政所需费用数额巨大，是以洋税为经费的主要来源。马尾船厂开办之初，“以闽海关四成结款银四十万两为购器建厂之用，然不敷甚巨，按月又由闽海关六成洋税下解银五万两，名为制船经费”。(37)据福建船政志记载：“自同治五年十一月十七日开局之日起，截至十三年六月底止，其共计收闽海关结款银四十万两，闽海关月款银四百七十万两，福建税厘局解银二十六万两，又收犒赏银限满洋匠剩银五百八十八两有奇，统共收银五百三十六万五百八十八两有奇……十三年七月初一日接造起截至光绪三年十二月底止共支银一百六十三万三千五百三十二两……光绪四年正月初一日起截至五年十二月底共支银八十九万五千八百九十四两……光绪六年正月初一日接造起截至八年十二月底共支银一百六万八千六百九十三两……光绪九年正月起截至十一年十二月底共支银一百二十六万七千三百九十三两……光绪十二年正月起截至十四年十二月底共支银一百九十四万六千一百九十一两……光绪十五年正月起截至十六年十二月底共支银七十九万二百七两……光绪十七年正月起截至十九年十二月底共支银九十八万三千九十七两……光绪二十年正月起截至二十一年十二月止统共开支银四十二万六千三百八十一两……光绪二十二年正月起至十二月止共开支银二十万三千五百四十一两”。(38)船政局在这三十年间，费用支出是14575516两。清朝廷财政困难，船政专款经常拖欠，“光绪二年，奏定南北洋经费，于各省洋税厘金项下，筹拨银400万两。虽经定议，旋即移作他用，南北洋收到实银每年不及三、四成”。(39)“各海关应提四成洋税共银三百九十六万三千余两，实解部银一百三十四万七千余两，只有三分之一。” (40)造船厂不仅无法扩大再生产，就连维持原有规模都很困难。何如璋为此上奏：“船政为海防根本，万无收束之理，查闽海关岁拨经费六十万两，近来积欠甚巨，计去年所解不过二十万两……工匠在工年久，西法渐通，一旦散而之他，势难复聚。费千百万之帑金，经十余年之缔造，乃以经费支绌尽弃前功，贻笑强邻，自乖本志。其为失计当在圣明洞鉴之中，窃维时局艰危，需船孔急，惟有协筹经费，力图开扩，庶足壮海军之规模，立自强之要柢。” (41)经费不足这是船政局走向衰败的原因之一。

此外，经营管理衙门化，冗员多、效率低，办事人员贪污、腐化成风……落后的社会制度，封闭的生产方式，顽固的传统观念，船政局在一条崎岖的道路上挣扎着。但是，不能否定其在近代中国救亡图存过程中的作用及对近代海防建设所做出的积极贡献。船政局为近代海防建设和反侵略战争提供了一定的物质基础，缩小了同西方国家在军备方面的差距，同时它所起的连锁反应和辐射作用，促进了对外开放和西学的引进，加速了近代军事科技的发展。从船政局的发展，我们可以清晰地看到先辈们在实践“师夷长技”，在追求救国救民的道路上迈出的坚实脚印。