在长汀，厦大校址位于北山麓文庙、万寿宫一带，与长汀中学校舍紧密相连。当时的条件是艰苦的，学校以长汀文庙为办公场所，借一座破楼做女生宿舍，租长汀饭店给教授安身栖息。萨本栋一家住在仓颉庙，仅卧室和饭厅两间。

为了解决同学们的肚子问题，萨本栋跑政府、求富户，派人到产粮区采购糙米，总算让同学们吃上糙米饭，给学生提供早餐配黄豆、中餐配青菜的食谱。长汀没有电，萨校长将政府配给自己的小汽车上的发动机卸下来发电，向教室和阅览室供电。教材不够，学生轮流阅读。中文类的教材干脆让学生自己抄上一遍，以强化记忆。学生可以申请战区学生贷金，每月8元，毕业后就业时清还。萨本栋把学生介绍到校外兼职工作，解决他们的燃眉之急。

政府经常不能及时拨下经费，萨本栋率先执行减薪，按三至五成支领校长薪俸。为节省经费，规定领导和教授不得安插自己的亲属在学校工作。萨本栋带头遵守规定，让太太担任完全义务性质的女生指导员，不领一分薪酬。

1938年5月10日凌晨，日军大举进攻厦门，从五通浦口登陆。此后，日军飞机三天两头飞到长汀轰炸骚扰。为了使损失降到最低，当局在北山设警报台，挂一个红球预报远处有敌机，挂两个红球表示敌机临近。

当时厦大的防空洞就开凿在校园的后山，青年校长萨本栋总是站在洞口指挥师生，自己最后一个进洞。洞小人多，又没有通风设备，萨本栋指挥洞口和洞内深处的师生不断地换位，以分享洞口的新鲜空气，防止有人昏倒。

当时政府高呼“十万青年十万军”，号召青年从军，厦门大学百名学生报名从军，并迅速组织成立“国立厦门大学学生救国服务团”等各种文化社会团体，各种定期不定期的报纸、刊物围绕“抗日救国”的主题竞相出版，使得长汀的文化活动异常活跃。民间抗战团体“长汀县抗日后援会”公举萨本栋为名誉会长，吸收大量厦大学生入会。

厦大中文学会主编《巨图》、厦大战时后方服务团出版《唯力》、厦大校友总会出版《厦大通讯》、抗日后援会出版《战声》，师生们在这些期刊发表慷慨激昂的作品，大声疾呼全民抗战。

抵达长汀两年后，厦门大学添建了同安堂和嘉庚堂两座教室，有了山麓中的万寿宫做图书馆，修了一座民房为四年级的男生宿舍……厦大校区逐渐连片，占地60亩，看上去有半个长汀城。