调查报告虽然写好，但主持此次调查的“监察委员”吴丰山直言：“即使到现在，我还是不知道‘三·一九’枪击案是真的还是假的”。

吴丰山虽然被视为“亲绿”，但民进党、国民党都任命他为公共电视台董事长，陈水扁、马英九也都提名他任“监察委员”。他称主持此次调查政治立场超然，目的也不是给出真、假的结论，而是综合了起诉书、“真调会”的资料等，检查台南地检署办案有无过失。结论可能还是无法让各方满意，但他已经尽力做到公正客观、尽量深入，希望能对“三·一九”枪击案继续侦办有所贡献。

岛内舆论指出，虽然陈水扁已下台，但“三·一九”枪击案攸关社会正义是非，一定要查个水落石出。知名政治评论员陈文茜12日撰文指出：笔者关心的是如果台湾再有类似“三·一九事件”，事情会不会不一样？坦白说，笔者的答案很悲观。这个事件表明不只是陈水扁太坏，而是台湾膜拜权势的人太多。办案的不求公正，媒体报道者不求真相；如果不是今日扁已倒台，很难相信“三·一九”会有真相。

文章说，虽然历史回顾起来如此令人气馁，但冥冥之中也有公正性。“三·一九事件”中的焦点人物，陈水扁坐牢，“微笑”邱义仁落魄种田，黄芳彦逃亡美国。人生或有不平，但老天还是长眼。