然而，新总统穆尔西上台后，开始挑战军方和司法系统。穆尔西于7月8日签署共和国令，推翻了最高宪法法院的裁定以及军方规定，要求被解散的议会恢复立法工作，直到选出新的议会。埃及最高宪法法院则针锋相对地于3天后裁定，穆尔西的共和国令无效，中止执行，并重申执行此前解散议会的裁决。穆尔西也不甘示弱，于8月12日解除武装部队最高委员会主席、总参谋长以及埃及海、防、空三军司令等人职务，并宣布军方此前颁布的《宪法补充声明》无效。

埃及“阿拉姆在线”网23日分析称，解散议会是过去几个月来埃及最重大的争议问题。议会席位最多的穆斯林兄弟会联合其他伊斯兰党派强烈反对最高法院判决。穆尔西上台后下令恢复议会，但此举在法律上存在缺陷，议会没有恢复职能。

中东媒体普遍认为，埃及最高行政法院现在裁决议会失去法律效力，明显是向穆尔西叫板，这意味着埃及政治权力之争再度白热化。有分析认为，在埃及，军方、总统和司法系统分别占据政治博弈的独立一极，如果说以坦塔维等人为代表的军方是穆巴拉克残余势力象征，那么司法系统则相对保持着独立和公正的色彩，许多官员都是前朝老臣及资深法官和律师，尽管埃及声势浩大的“革命”推翻了穆巴拉克，粉碎其执政班底，但并没有撼动和破坏埃及相对独立和廉洁的司法体系。

穆斯林兄弟会的“自由和正义党”法律委员会23日发表声明，称对最高行政法院的做法感到惊讶和意外，同时表示强烈反对这一裁决，“将采取一切法律手段进行斗争”。