20时30分—21时，西德方面派出3架直升机。

当“黑九月”分子走过柏油碎石铺成的停机坪时，负责这次行动的指挥官下令开火。两名狙击手射出两发子弹，监视直升机驾驶员的两名歹徒应声倒地。机场霎时间乱作一团。随后双方展开激战。

枪战持续了一个多小时才结束。警察在清点尸体时，有5名歹徒被击毙，西德警官1人死亡，几名警察受伤。9名以色列人质则全部被恐怖分子杀害。

9月6日，奥林匹克运动场里，一片肃穆。当贝多芬的《英雄交响曲》第二乐章奏响时，许多运动员禁不住放声痛哭。

为了悼念11名死难者，11个座位被空着。幸存的以色列人在这个追悼仪式上，几乎控制不住自己。

9月7日，奥运会恢复比赛。

营救行动失败后，世界舆论为之哗然，纷纷指责西德警察无能，抨击西德政府“视人质生命如儿戏”。这次恐怖事件，让西德蒙受了奇耻大辱，也使西德政府对日益增加的国际恐怖活动产生了危机感。